Idealerweise sollte es keinen Unterschied machen, ob das Update OTA eingespielt wird oder mit iTunes. Es sind aber aus technischer Sicht zwei komplett verschiedene Welten, und aus technischer Sicht sind iTunes-Updates deutlich verlässlicher und "sicherer". Der Grund ist: Beim OTA-Update ist das Gerät selber dafür verantwortlich, die Firmware einzuspielen (logisch). Das bedeutet, dass auf dem Gerät immer noch einiges an Software ausgeführt werden muss, während das Update eingespielt wird. Deshalb kann das Gerät nicht komplett abgeschaltet werden, und die Firmware wird auch nicht neu installiert, sondern nur "darüber installiert".
Beim Update per iTunes kann das iPhone dagegen vollständig in den Wartungsmodus gehen. Es muss auf dem iPhone keine Software für den Updateprozess ausgeführt werden, iTunes übernimmt die gesamte Arbeit. Zusätzlich wird die gesamte Firmware auf dem iPhone sauber neu installiert, es wird nicht einfach ein Teil der Firmware über die alten Bestandteile "darüber installiert", sondern wirklich eine saubere Installation vollzogen.
Im Idealfall soll das natürlich keinen Unterschied machen. Technisch gesehen gibt es aber bei einem OTA-Update viel mehr mögliche Fehlerquellen, und die Risiken, das etwas schiefläuft, sind viel größer. Meistens hat man Glück, und es passiert nichts, sodass ich auch nicht von OTA-Updates abraten würde. Aber sicherer sind iTunes-Updates auf jeden Fall. Und ein netter Nebeneffekt: Man kann bei einem Update per iTunes auch direkt ein Backup per iTunes machen, die auch (zumindest aus technischer Sicht) deutlich zuverlässiger sind als die Backups in der iCloud.
