Die Dateien sind meist innerhalb der Programme (das sind sogenannte Container), oder halt im System.
Installiere dir mal im Browser ein paar Addons:
Ghostery (blockt alle möglichen Mechanismen von Webseiten, Daten auszuspionieren)
Webutation (Zeigt per Ampelsystem-Symbolen an, wie sicher eine Seite ist, laut Benutzerbewertungen)
Element Hiding Helper für Adblock Plus (optimiert AdBlock noch mehr)
Facebook Disconnect (wenn du nicht willst, das Facebook weiß, was du so im Internet guckst)
Und wenn du im Internet surfst, immer schön gucken, was du anklickst. Evtl. auch bei den Apps, die du installierst, aufpassen (nachlesen, was die Apps so mitinstallieren)
Mir ist es in meiner gesamten Laufbahn nicht passiert, das ich Spyware im System hatte weder unter Windows, noch am Mac)
Mit den entsprechenden Browsererweiterungen und ein bisschen selber aufmerksam sein, sollte dir sowas nicht nochmal passieren.