Hm lad dir mal das Theme auf den Pc nacher guck im Ordner "Icons" nach ob du wenn du das bild "AIM.png" öffnest auch so ein Schwarzer rand ist, ist das der fall musst du ihn mit Ps, Gimp o.ä. wegmachen.
Hattest Du vorher einen ganz normalen schwarzen Hintergrund?
Liegt meiner Meinung nach an den Icons selbst.
Als ich meinen Hintergrund von schwarz auf 'carbon' geändert hatte, konnte man beim Navigon Icon an den Rändern erkennen, dass diese nicht transparent waren.
Habe mir das Icon dann selbst transparent gemacht.